Gewichtung: 3 ECTS
Note: 60% Klausur, 40% Onlinetests
Vorlesung: freitags 08:15 – 10:00 Uhr (keine Anwesenheitspflicht)
Übungen: Onlinetests können im PC-Pool bearbeitet werden; mehrere Termine dienstags und freitags (keine Anwesenheitspflicht)
Vorlesung
Die Vorlesung gibt einen interessanten Einblick in die Gebiete, Methoden und Tools der Bioinformatik. Unterrichtssprache ist Englisch, das ist aber überhaupt nicht schlimm. In den Übungen spricht man für gewöhnlich wieder Deutsch, in der Prüfung werden Antworten auch auf Deutsch akzeptiert. Das Fach ist eigentlich Teil des B.Sc. Biochemie, 4. Semester. Der Dozent nimmt aber auch Rücksicht darauf, dass nicht alle die biochemischen Grundlagen so gut beherrschen. Anwesenheit ist nicht immer unbedingt notwendig.
Programmierkenntnisse werden überhaupt nicht vorausgesetzt. Der Kurs ist ausdrücklich KEIN Programmierkurs.. trotzdem war für mich die Einführung in das Command Line Interface am nützlichsten.
Themen:
- UNIX command line interface (Programmiersprache Shell)
- Einführung in die Programmiersprache Python
- Transkriptomics und Proteomics (Verfahren für Sequenzierung/Sequenzanalyse, qualitative und quantitive Analyse von DNA/RNA und Proteinen)
- wichtige Datenbanken (für Proteine, Nukleinsäuren usw.)
- Modellierung und Untersuchung von komplexen Molekülstrukturen mit PyMOL
- (Multiple) Sequence Alignment (optimale Anordnung zweier Protein- oder DNA-Sequenzen zum Vergleichen), Algorithmen und Heuristik (effizientere Näherungsverfahren) für Alignments
- Phylogeny und Systembiologie (phylogenetische Stammbäume und Verwandtschaftsgrade, biologische Netzwerke z.B. Diagramme von biochemischen Pathways)
- (sekundäre) Proteinstrukturen beschreiben und vorhersagen
- Homologie-Modellierung von Proteinen und Threading-Verfahren
Die Übungen sind sehr gut machbar, auch ohne in jeder Vorlesung gewesen zu sein. Man muss sie online im ILIAS bearbeiten und jede Woche bis Freitag 23:59 Uhr abgeben. Es gibt das Angebot die Aufgaben im PC-Pool zu bearbeiten (dienstags oder freitags). Das lohnt sich vor allem dann, wenn man Fragen hat oder wenn man die zur Bearbeitung benötigten Programme nicht installieren kann. Die Tutoren sind sehr freundlich und hilfsbereit, selbst wenn jemand eine Teilaufgabe überhaupt nicht versteht. Man kann die Tests unterbrechen und jederzeit fortsetzen. Es lohnt sich also frühzeitig reinzuschauen um abzuschätzen, ob man einen Platz für die Übungen buchen sollte. Die Tests müssen insgesamt mit mindestens 50% bestanden werden.
Prüfung
In der letzten Vorlesung wird eine Probeklausur besprochen und gemeinsam bearbeitet. Die Klausur ist ähnlich wie die Übungsaufgaben aufgebaut, dauert 2h (man hat genug Zeit), es sind fast alle Hilfsmittel erlaubt (Taschenrechner, Bücher, ausgedruckte Skripte und Übungen). Fragen werden auf Englisch gestellt, Antworten auf Deutsch werden aber auch akzeptiert. Man kann sich also sehr gut auf die Klausur vorbereiten. Die Klausur muss mit mindestens 50% bestanden werden.
Im Anhang die Musterlösungen der Onlinetests aus dem SS17 und eine Altklausur, die ich von den Biochemikern bekommen habe.